La DNI fue creada para escribir un nuevo capítulo en la historia de la inteligencia y la contrainteligencia del país. Con este propósito, la Entidad fue diseñada combinando la experiencia de agencias de inteligencia de talla mundial con la trayectoria de organismos nacionales. El resultado fue un servicio de inteligencia estratégica y contrainteligencia de Estado construido sobre cuatro pilares: un sistema de controles robusto, una misión claramente definida, un alto nivel de profesionalización, y una cultura de inteligencia propia.
En términos del sistema de controles, los estudios técnicos que dieron lugar a la creación de la DNI incorporaron un mecanismo de supervisión novedoso en el contexto colombiano, inspirado en las lecciones aprendidas de países democráticos con aparatos de inteligencia de gran envergadura. Este mecanismo es una Inspección General independiente, especializada en la supervisión de actividades de inteligencia y contrainteligencia, y autorizada para acceder a toda la información que considere necesaria, sin importar su nivel de clasificación.